Les opérations d'engagement, de liquidation et d'ordonnancement des crédits sont assurées par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés.
L'agent comptable de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés procède au paiement au vu des états liquidatifs transmis par le directeur général.
Le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés rend compte au comité national de gestion, chaque semestre, de l'état des consommations des crédits du fonds.