La direction des fonds est chargée du tri, de la collecte, du classement, de l'inventaire et de la valorisation des archives publiques et privées placées sous la responsabilité du service Archives nationales, sous réserve, en ce qui concerne les archives électroniques et audiovisuelles, des compétences de la direction de l'appui scientifique.
Elle participe à l'orientation des chercheurs et à la communication des documents en lien avec la direction des publics.