Pour chaque affaire, le président de la commission de recours désigne un rapporteur, choisi parmi les membres du Conseil d'Etat, les magistrats de la Cour des comptes et des chambres régionales des comptes et les membres des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel. Les rapporteurs peuvent aussi être choisis parmi les fonctionnaires de l'Etat n'appartenant pas à l'administration dont relève le fonctionnaire de l'Etat en cause.
Le président statue sur toutes les mesures d'instruction et d'enquête qui lui sont proposées par le rapporteur. Celui-ci dispose de tous les pouvoirs d'investigation auprès des administrations intéressées.
En matière disciplinaire, le requérant en cause et le ministre intéressé doivent être mis à même de prendre connaissance du dossier soumis à la commission de recours.