Le secrétariat du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat est assuré par la direction générale de l'administration et de la fonction publique.
Un procès-verbal est établi après chaque séance de l'assemblée plénière et des formations spécialisées et transmis dans un délai d'un mois aux membres du Conseil supérieur. Il est approuvé lors de la séance suivante.