Les stages, d'une durée d'un semestre, sont offerts tous les six mois au choix des internes. Les internes choisissent par ancienneté de fonctions validées pour un nombre entier de semestres. A ancienneté égale, le choix s'effectue selon le rang de classement au concours.
Le directeur général de l'agence régionale de santé dont relève l'interne procède aux affectations semestrielles dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur.
Sont exclus de cette répartition les laboratoires industriels et les laboratoires agréés au titre de l'année-recherche. La liste des postes effectivement accessibles aux internes pour un stage semestriel est déterminée en fonction du nombre prévisible d'internes appelés à choisir, déduction faite de ceux qui, effectuant un stage dans un laboratoire industriel ou une année-recherche, en auront prévenu les autorités compétentes au moins deux mois à l'avance.
Les internes en pharmacie peuvent, selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé, effectuer, sous réserve de l'accord des autorités universitaires et hospitalières concernées, trois semestres de formation dans un lieu de stage agréé d'une autre interrégion ou à l'étranger. Le nombre de stages effectués à l'étranger ne peut être supérieur à deux.
Les stages dans les laboratoires industriels sont offerts au choix des internes de toutes les interrégions. Ceux-ci doivent obtenir l'accord écrit du responsable du stage préalablement aux opérations de choix. Ils peuvent, à leur demande, effectuer deux semestres consécutifs dans le même laboratoire industriel.
Nul ne peut poursuivre le troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques dès lors qu'il n'a pas validé ses semestres de formation dans un délai correspondant à deux fois la durée réglementaire prévue par la maquette du diplôme d'études spécialisées postulé. Toutefois, une dérogation exceptionnelle, en raison de la situation particulière de l'interne, peut être accordée par le président de l'université après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche.