Le conseil scientifique et pédagogique ne peut comporter plus de quarante membres. Il comprend des représentants des formateurs dont des instituteurs maîtres formateurs et des conseillers pédagogiques, des représentants des usagers dont des étudiants, des élèves professeurs et des stagiaires en formation, des représentants du conseil scientifique du ou des établissements de rattachement, des personnalités qualifiées dans le domaine de la recherche et de la formation, nommées par le recteur d'académie après avis du conseil d'administration de l'institut ainsi que des membres des corps d'inspection, et des directeurs académiques des services de l'éducation nationale nommés par le recteur d'académie. Le directeur de l'institut est membre de droit du conseil scientifique et pédagogique.
Les représentants des formateurs et des usagers constituent la moitié des membres du conseil.
Le président du conseil scientifique et pédagogique est élu par les membres de ce conseil.
La répartition des catégories de membres du conseil scientifique et pédagogique ainsi que les modalités de leur désignation sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.