Chaque centre est dirigé par un directeur nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation dans des conditions fixées par le décret n° 91-290 du 20 mars 1991 relatif au statut des directeurs de centres d'information et d'orientation et des conseillers d'orientation-psychologues.
Les centres sont placés sous l'autorité du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie.