Le conseil d'orientation se réunit au moins quatre fois par an.
Il siège valablement dès lors que le nombre des membres présents est supérieur à la moitié du nombre total des membres dont il est composé.
Les suppléants sont appelés à siéger en l'absence des titulaires et à remplacer ceux dont le siège deviendrait vacant. Lorsque le siège d'un ou des représentants titulaires ou suppléants devient vacant, l'organisation concernée désigne un ou plusieurs nouveaux représentants qui siègent jusqu'au prochain renouvellement du conseil.
Lorsque, en cas d'absence, ils ne sont pas remplacés par un suppléant, les membres du conseil d'orientation peuvent donner délégation de vote à un autre membre. Dans ce cas, aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.
Les décisions sont prises à la majorité des voix.
La caisse gestionnaire du régime des prestations familiales rembourse les frais de déplacement des membres du conseil d'orientation. Elle rembourse également aux employeurs la rémunération maintenue des membres salariés du conseil d'orientation exerçant leurs fonctions pendant leur temps de travail ainsi que les avantages sociaux y afférents.
A l'exclusion des représentants des employeurs, les membres du conseil d'orientation ayant la qualité de travailleur indépendant peuvent percevoir des indemnités pour perte de leurs gains. Ces indemnités sont fixées par arrêté du préfet de Mayotte.