Des contrôles peuvent être effectués à la demande de la directrice de l'ODEADOM, de son agent comptable ou du contrôleur financier, ainsi que des services de la DAAF de Mayotte.
Toutes les pièces justificatives qu'ils estimeraient nécessaires pour s'assurer de la bonne utilisation des fonds alloués peuvent être exigées des bénéficiaires, notamment celles relatives au respect des normes en vigueur au sein de l'Union européenne pour la fabrication des aliments complets destinés aux animaux d'élevage réalisée dans les pays tiers, ou celles concernant la répercussion intégrale de l'aide à l'utilisateur final.