L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration, de l'exécution des opérations comptables et financières de la caisse.
Avant d'entrer en fonctions, l'agent comptable est assujetti à un cautionnement dont le montant, fixé par le conseil d'administration, ne peut être inférieur au minimum du cautionnement auquel sont astreints les agents comptables des caisses de sécurité sociale. Ce cautionnement est réalisé en numéraire ou en rentes sur l'Etat. Il est déposé à la Caisse des dépôts et consignations dans les conditions déterminées par les consignations administratives. Toutefois, il peut être remplacé, avec l'autorisation du conseil d'administration, par l'affiliation de l'agent comptable à une association de cautionnement mutuel.
Ses attributions et les conditions dans lesquelles sa responsabilité pécuniaire peut être mise en jeu sont définies au chapitre 2 du titre II du livre Ier du code de la sécurité sociale.
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1 du code de la sécurité sociale, les comptes annuels sont établis par l'agent comptable et arrêtés par le directeur. Les comptes annuels sont ensuite présentés par le directeur et l'agent comptable au conseil d'administration qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve, sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres
Toute décision de caractère individuel prise en matière de gestion du personnel est communiquée à l'agent comptable qui porte mention de la disponibilité des crédits correspondants et de sa conformité aux autorisations budgétaires.
En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par un fondé de pouvoir qu'il a préalablement désigné à cet effet, jusqu'à la désignation par le conseil d'administration d'un agent comptable.