Pour les installations classées constituant un élément de l'infrastructure militaire et réalisées dans le cadre d'opérations secrètes intéressant la défense nationale, les dispositions de la section 2 du chapitre III du titre II du livre Ier et des articles R. 512-14, R. 512-19 à R. 512-22, R. 512-25, R. 512-46-11 à R. 512-46-15 ne sont pas applicables. L'instruction du dossier est poursuivie par l'autorité militaire compétente et l'autorisation ou l'enregistrement est délivré par décret pris sur proposition du ministre de la défense.