L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 151 à 153-1 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.
Il est soumis au contrôle de l'Etat défini par les décrets du 9 août 1953 et du 26 mai 1955 susvisés. Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget après avis du directeur général délégué de l'établissement.
Des agents comptables secondaires peuvent être désignés par le président du conseil d'administration, avec l'agrément de l'agent comptable principal.