Les aumôniers militaires relèvent conjointement :
1° De l'aumônier militaire en chef de leur culte, pour ce qui concerne les questions relatives à leur culte ;
2° De l'autorité militaire, pour ce qui concerne les modalités d'exercice de leurs missions au sein des armées et formations rattachées. Ils ne peuvent recevoir d'ordres que des commandants de formation administrative ou des autorités militaires commandant des bases dont la liste est fixée par arrêté du ministre de la défense. Ils n'ont ni le pouvoir de donner des ordres ni celui de prononcer des sanctions.