L'aumônier militaire en chef organise et supervise l'activité des aumôniers de son culte et assure la liaison entre les autorités militaires et les autorités religieuses. Il est le conseiller particulier du chef d'état-major des armées.
L'aumônier militaire en chef adjoint est placé auprès d'un des chefs d'état-major d'armée ou du directeur général de la gendarmerie nationale, dont il est le conseiller particulier. Il coordonne l'activité des aumôniers de son culte au sein de cette armée ou de la gendarmerie.
L'aumônier militaire de zone de défense est chargé, dans les limites géographiques de la zone de défense et de sécurité, du suivi des activités des aumôniers de son culte au sein des organismes des armées et formations rattachées.