Le Centre national des sports de la défense est commandé par un officier général qui assure également les fonctions de commissaire aux sports militaires.
Le commandant du Centre national des sports de la défense est assisté d'un adjoint, officier supérieur, qui le supplée dans l'exercice de ses fonctions de commandant du Centre national des sports de la défense et de commissaire aux sports militaires.
En outre, le commandant du Centre national des sports de la défense dispose de trois conseillers :
- un conseiller "sport pour les relations extérieures" ;
- un conseiller "santé" ;
- un conseiller portant le titre de "chef des sports équestres militaires".