Le président du conseil d'administration du fonds est nommé, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, par décret pris sur proposition du ministre chargé de la sécurité sociale, du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget. Il est choisi parmi les présidents de chambre ou les conseillers à la Cour de cassation en exercice ou honoraires, les présidents de tribunal administratif ou de cour administrative d'appel en exercice ou honoraires, les présidents de chambre de la Cour des comptes ou les conseillers maîtres de ces chambres en exercice ou honoraires, sur proposition, respectivement, du premier président de la Cour de cassation, du vice-président du Conseil d'Etat et du premier président de la Cour des comptes.
La limite d'âge du président est fixée à soixante-sept ans.
Le président a un suppléant nommé dans les mêmes conditions pour une période de trois ans renouvelable.
En cas d'empêchement définitif du président ou de son suppléant, un remplaçant est nommé dans les mêmes conditions que son prédécesseur pour la durée du mandat restant à courir.