L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Etablissement public du Marais poitevin, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de contrôle de la gestion budgétaire et comptable de l'établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Elle vérifie le caractère soutenable de la prévision budgétaire et de la gestion au regard de l'autorisation budgétaire et veille au respect des plafonds limitatifs de crédits et d'emplois inscrits au budget.
Le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'établissement, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son action avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.