La direction du personnel militaire de la marine est dirigée par un directeur, officier général du corps des officiers de marine.
Il est assisté d'un directeur adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement, et de deux sous-directeurs chargés respectivement de la gestion du personnel et de la gestion des compétences.
Le directeur adjoint a autorité sur :
- le bureau des finances chargé des moyens de pilotage et du suivi des questions budgétaires ;
- le bureau " droits financiers individuels ", notamment chargé des actions de contrôle se rapportant aux opérations relatives à la rémunération et relevant de la responsabilité de la direction.
Il dirige également l'action du service de psychologie de la marine.
Le délégué aux réserves de la marine, placé auprès du major général de la marine, exerce les fonctions de conseiller du directeur pour les réserves.