La mission "pilotage” est chargée du pilotage transversal et du contrôle de gestion des services à compétence nationale spécialisés dans le contrôle fiscal mentionnés à l'article 2-1. Elle assure cette mission en coordination avec les quatre bureaux du service.
Elle est également en charge du pilotage et de la coordination de l'action des services sur des dossiers complexes ou frauduleux à dimension nationale.