Le praticien agréé-maître de stage des universités perçoit des honoraires pédagogiques.
Ces honoraires pédagogiques sont financés par le budget du ministère chargé de la santé.
Ils sont versés au praticien agréé-maître de stage des universités par l'unité de formation et de recherche médicale et remboursés à celle-ci par l'agence régionale de santé dans le ressort de laquelle l'interne est affecté pour son internat.
Le montant forfaitaire de ces honoraires pédagogiques est fixé à 600 € brut par mois de stage et par interne. Dans l'hypothèse où l'interne est accueilli chez plusieurs praticiens agréés-maîtres de stage des universités, les honoraires pédagogiques ne sont dus qu'une fois.
L'interne ou le résident ne peut percevoir de rémunération ni de son maître de stage ni des patients durant le stage.