Le directeur dirige le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et de recherche, auquel il rend compte de sa gestion.
Le directeur exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il représente le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare le budget du centre, ses modifications et l'exécute ;
3° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration et de recherche ;
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du centre ;
5° Il a autorité sur l'ensemble des personnels du centre et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu de pouvoir de nomination ;
6° Il est responsable du maintien de l'ordre au sein du centre ;
7° Il répartit les services après avis des équipes pédagogiques ;
8° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
9° Il est chargé de l'organisation des opérations électorales ;
10° Il constitue les jurys d'examen et répartit les services d'enseignement ; il nomme les présidents de jury, en accord avec les présidents des établissements concernés par les habilitations.
Le directeur peut déléguer sa signature au directeur administratif des services, aux agents de catégorie A placés sous son autorité ainsi que, pour les affaires concernant les départements et les services mentionnés à l'article 5 et les unités de recherche constituées avec d'autres organismes d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables respectifs.