Le centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte a pour mission de dispenser en formation initiale un enseignement supérieur généraliste et professionnel. Il peut conduire également des activités de recherche et assurer des missions de formation continue qu'il détermine librement.
Le centre organise des formations préparant aux différents diplômes nationaux de l'enseignement supérieur. Ces diplômes nationaux sont délivrés par des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel, dans des conditions fixées par convention.
Il peut également délivrer des diplômes qui lui sont propres.