En cas d'annulation par l'établissement d'une facture payée, celui-ci adresse sans délai à la caisse gestionnaire un bordereau d'annulation. Lorsqu'il s'agit d'un établissement public de santé, celui-ci rembourse à la caisse gestionnaire la somme indûment perçue au moyen d'un titre d'annulation ou d'un mandat de dépense émis par l'ordonnateur selon que le remboursement concerne un encaissement de l'exercice courant ou un encaissement d'un exercice antérieur.
La caisse gestionnaire en informe la caisse de paiement unique.