Les préfets sont nommés par décret du Président de la République en conseil des ministres, sur la proposition du Premier ministre et du ministre chargé de l'intérieur.
Les nominations impliquent affectation sur un poste territorial.
Cependant, des nominations peuvent également être prononcées, dans la limite de dix postes, sur des emplois supérieurs comportant une mission de service public relevant du Gouvernement. Les intéressés sont alors placés sur un emploi de préfet hors cadre pour une durée maximale de trois ans qui peut être prolongée de deux ans. Trois de ces postes sont réservés à des sous-préfets et administrateurs civils qui justifient de vingt-cinq années de services publics, dont trois années au moins en qualité de sous-préfet nommé sur un poste territorial ou en qualité de secrétaire général pour les affaires régionales.