Le président de la Commission nationale de l'informatique et des libertés perçoit une indemnité forfaitaire mensuelle dont le montant est fixé par arrêté conjoint du Premier ministre, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.
Toutefois, lorsqu'il se consacre exclusivement à ses fonctions, le président de la commission perçoit une rémunération de base égale au traitement afférent à la seconde des deux catégories supérieures des emplois de l'Etat classés hors échelle ainsi qu'une indemnité dont le montant est fixé par arrêté conjoint du Premier ministre, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.