Le CHEMI est composé d'une équipe d'encadrement pluridisciplinaire issue principalement du secrétariat général, de la direction générale de la police nationale, de la direction générale de la gendarmerie nationale et de la direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises.
Son organisation et son budget de fonctionnement sont fixés par le secrétaire général du ministère.
Le directeur du CHEMI est nommé par arrêté du ministre, sur proposition du secrétaire général. Il est assisté par un adjoint chargé de la formation et par un adjoint chargé des relations extérieures et des partenariats.