Le secrétaire général dirige les activités des directions et de la délégation suivantes :
1. La direction de la modernisation et de l'action territoriale ;
2. La direction des ressources humaines ;
3. La direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières ;
4. La direction des systèmes d'information et de communication ;
5. Le service du haut fonctionnaire de défense ;
6. La délégation à l'information et à la communication ;
7. La mission "titres sécurisés" ;
8. La mission "prévention et lutte contre la fraude documentaire".
Il dispose de la délégation aux affaires internationales et européennes.