Le secrétaire général assure la gestion du corps préfectoral, des administrateurs civils du ministère et de l'ensemble des fonctionnaires et agents, à l'exception de ceux relevant de la direction générale de la police nationale et de l'inspection générale de l'administration. Il définit, à ce titre, la politique de gestion de l'ensemble des personnels relevant de sa compétence.
Il étudie, propose et exécute les mesures relatives à la modernisation, à l'organisation, à la déconcentration, au contrôle de gestion du ministère et veille à la mise en oeuvre des nouvelles formes de la gestion publique.
Il est responsable des programmes de la mission "administration générale et territoriale de l'Etat".
Il est chargé des questions budgétaires et financières. Il représente le ministre dans le cadre des négociations budgétaires interministérielles.
En association avec les responsables de programmes qui en définissent les orientations stratégiques, il prépare la programmation immobilière et en assure la réalisation par délégation.
Il définit la politique du ministère en matière d'informatique et de télécommunications et veille à sa mise en oeuvre dans le développement, le déploiement et l'exploitation des systèmes d'information et de communication.
Il impulse la modernisation des statuts de l'ensemble des corps de fonctionnaires relevant de sa compétence. Il assure la cohérence des évolutions statutaires de l'ensemble des corps de fonctionnaires relevant du ministère, des politiques de formation et des politiques d'action sociale.
Le secrétaire général détermine et conduit les actions de communication interne et externe du ministère.
Il peut assurer au nom du ministre la présidence du comité technique paritaire ministériel.
Il assure le secrétariat du collège stratégique.