Le ministre chargé de l'enseignement supérieur nomme le directeur du service sur proposition du président de l'université ou des présidents et directeurs des établissements contractants.
Le directeur est placé sous l'autorité du président de l'université, ou de l'établissement de rattachement.
Il n'est pas éligible au conseil du service.
Les fonctions de directeur de service interétablissement sont compatibles entre elles et avec celles de directeur de service commun d'une université contractante.