La sous-direction des missions de protection et d'éducation élabore, en liaison avec les autres directions du ministère, les réflexions et les normes juridiques ainsi que les références pédagogiques et institutionnelles intéressant la protection de l'enfance et de la jeunesse, la prévention et le traitement de la délinquance juvénile, dans le cadre des compétences du ministère de la justice. Elle assure le pilotage national des activités de protection judiciaire confiées aux structures quel qu'en soit le statut. Elle suit l'ensemble des dossiers relevant de sa compétence au plan international et est associée aux négociations ainsi qu'au traitement du contentieux européen et international concernant la protection judiciaire de la jeunesse.
Elle est responsable des procédures d'amélioration de la qualité de la prise en charge des mineurs et coordonne la mise en œuvre des méthodes et des outils développés à cette fin.
Elle a la responsabilité de l'ensemble des questions relatives à l'évaluation intéressant la direction de la protection judiciaire de la jeunesse prévue par le code de l'action sociale et des familles.
Elle conduit et coordonne les travaux d'analyse et d'évaluation relatifs aux orientations nationales.
Elle assure la coordination des audits réalisés par les directions interrégionales pour en retenir les éléments d'intérêt national pouvant être repris par la direction de la protection judiciaire de la jeunesse dans ses orientations. Elle leur assure un soutien méthodologique et les conseille dans l'exercice de leur fonction d'audit.