Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de l'environnement.
Le directeur de l'établissement est chargé du fonctionnement de l'ensemble des services et de la gestion du personnel.
Il assure l'exécution des délibérations du conseil d'administration.
Il prépare et exécute le budget de l'établissement. Il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il exerce le pouvoir adjudicateur de l'établissement.
Il représente l'établissement dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il signe les contrats et conventions engageant l'établissement.
Il rend compte au conseil d'administration de sa gestion et de l'utilisation faite des délégations qui lui ont été consenties.
Il peut déléguer sa signature à des agents placés sous son autorité.
Lorsqu'il bénéficie d'une délégation du conseil d'administration et dans les conditions prévues par celle-ci, il exerce le droit de préemption foncière pour mettre en œuvre le programme d'actions délibéré par le conseil d'administration.
Il prépare, pour la commission spécialisée chargée de proposer la répartition des prélèvements d'eau, un projet de plan annuel de répartition et de règles pour adapter cette répartition en cas de limitation ou de suspension provisoire des usages de l'eau.
En application du IV bis de l'article L. 414-2, il assure la présidence du comité de pilotage ainsi que l'élaboration du document d'objectifs et l'animation nécessaire à sa mise en œuvre des sites Natura 2000 situés dans le périmètre de l'établissement, à la demande du ou des préfets intéressés, dans les conditions prévues par l'article L. 414-2.