Les enseignements théoriques d'une durée de quarante semaines (mille quatre cents heures) sont répartis sur les deux années de formation (trente-trois semaines sur la première année et sept semaines sur la seconde année), portent sur trois domaines principaux de formation organisés en modules :
L'expertise du cadre d'intervention des directeurs des établissements et services de la protection judiciaire de la jeunesse (cinq cents heures) comprenant quatre modules :
― le cadre général de la protection de l'enfance (cinquante heures) ;
― le cadre d'intervention de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse (cent soixante-dix heures) ;
― la direction d'un établissement ou d'un service de la protection judiciaire de la jeunesse (deux cent cinquante heures) ;
― le cadre statutaire de la fonction publique (trente heures).
La prise en charge des publics (trois cents heures) comprenant trois modules :
― la théorie générale sur le développement de l'enfant au jeune adulte (quatre-vingts heures) ;
― les méthodes destinées à garantir de la qualité de la prise en charge (cent vingts heures) ;
― l'inscription de son service dans les politiques publiques et dans les dynamiques territoriales (cent heures).
Les méthodes et techniques professionnelles (six cents heures) comprenant deux modules :
― le management public (quatre cents cinquante heures) ;
― l'élaboration et la conduite de projet d'établissement ou de service (cent cinquante heures).
Les enseignements théoriques font l'objet d'épreuves notées sur 20.
Le directeur stagiaire dispose des deux années de formation pour rédiger un mémoire sur un thème qu'il choisit et qui est accepté par le directeur de l'école. Il fait l'objet d'une soutenance, notée sur 20, à l'issue de la seconde année de formation.