La comptabilité des matières comporte l'enregistrement chronologique sur un livre journal de chacune des variations affectant quantitativement le stock de matières nucléaires d'une zone comptable ou sa répartition selon les types de matières cités à l'article 12 du présent arrêté. A ce titre elle enregistre :
1. Les mouvements externes à la zone comptable, réceptions et expéditions ;
2. Les opérations internes, notamment les utilisations et les transformations ;
3. Les corrections et ajustements, résultats de mesure, calculs et estimations ;
4. Les écarts constatés au cours des inventaires physiques effectués conformément au point 4 de l'article R. 1333-11 du code de la défense ou à toute autre occasion.
Les variations de stock sont enregistrées le jour même où elles sont constatées sur la base des documents permettant d'assurer leur traçabilité transmis par les personnes en charge du suivi physique. En préalable à leur enregistrement, le comptable effectue un contrôle de cohérence des informations issues du suivi physique ou de l'expéditeur des matières.
Pour les variations déterminées par calculs ou par analyses, l'enregistrement a lieu le jour où le résultat est connu.
Dans le cas de variations résultant de la détection d'un écart entre la réalité physique et la comptabilité, l'enregistrement est réalisé dans les huit jours suivant sa détection.
Le premier jour ouvré du mois et avant tout nouvel enregistrement d'opération, le stock comptable à la date du dernier jour du mois écoulé est calculé, enregistré dans le livre journal et fait l'objet d'un arrêté comptable.
La comptabilité permet d'élaborer à tout moment un état des stocks comptables.