Le médecin de prévention exerce son activité médicale, en toute indépendance et dans le respect des dispositions du Code de déontologie médicale fixé par le décret du 28 juin 1979 susvisé et du Code de la santé publique. Il agit dans l'intérêt exclusif de la santé et de la sécurité des agents dont il assure la surveillance médicale. Le médecin de prévention doit être distinct des médecins chargés des visites d'aptitude physique au sens des dispositions de l'article 20 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 et des médecins de contrôle.
Sans préjudice des missions des médecins chargés des visites d'aptitude physique, le médecin de prévention peut formuler un avis ou émettre des propositions lors de l'affectation de l'agent au poste de travail au vu des particularités de ce dernier et au regard de l'état de santé de l'agent.
Dans ce cas, les rôles respectifs du médecin de prévention et du médecin agréé s'exercent de façon complémentaire : le médecin agréé vérifie l'aptitude à l'exercice d'un emploi public ; le médecin de prévention vérifie la compatibilité de l'état de santé de l'agent avec les conditions de travail liées au poste occupé par l'agent.
Le médecin de prévention reçoit de l'autorité administrative à laquelle il est rattaché une lettre de mission précisant les services et établissements pour lesquels il est compétent, les objectifs de ses fonctions ainsi que les volumes de vacations horaire à accomplir.
Lorsque l'autorité administrative décide de ne pas renouveler les fonctions d'un médecin de prévention, pour un motif tiré du changement dans les modalités d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention, elle en informe le comité d'hygiène et de sécurité compétent en lui communiquant les raisons de ce changement.
En cas de rupture du lien contractuel pour un motif disciplinaire ou lié à la personne du médecin, cette rupture ne peut intervenir qu'après avis, suivant que le médecin de prévention relève de l'administration centrale ou locale, du comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail compétent. L'autorité administrative met en outre l'intéressé en mesure de consulter son dossier. Le médecin doit faire l'objet d'une convocation écrite lui indiquant l'objet de celle-ci. Au cours de l'entretien, l'autorité administrative est tenue d'indiquer le ou les motifs de la décision envisagée et de recueillir les observations de l'intéressé. En cas d'avis défavorable du comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail concerné, la décision appartient au ministre.
En cas de faute professionnelle d'ordre déontologique, l'autorité administrative engage la procédure prévue à l'article L. 4124-2 du Code de la santé publique. Elle peut suspendre le lien contractuel avec le médecin de prévention en attendant la décision du conseil de l'ordre des médecins.