Le conseil se réunit au moins quatre fois dans l'année sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines, après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les décisions sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions du conseil, auxquelles il peut participer ou se faire représenter et dont les délibérations lui sont transmises.
Le conseil peut, par délibération adoptée à la majorité de ses membres, déléguer au bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget et à l'approbation des comptes annuels et aux cotisations professionnelles obligatoires.