Pour l'exercice des missions définies au c de l'article L. 912-2 du code rural et de la pêche maritime, le comité national participe à la création et au fonctionnement de caisses de garantie contre les intempéries et avaries, en charge du versement d'indemnités journalières aux équipages de navires immobilisés au port ou ne pouvant pratiquer la pêche du fait d'intempéries ou d'avaries, et assure le contrôle de ces caisses.
Les modalités de fonctionnement et de gestion du système de garantie contre les intempéries et avaries sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du ministre chargé du budget.
Pour l'exercice des missions définies aux a à d du même article, le comité national coordonne l'action des comités régionaux, départementaux et interdépartementaux des pêches maritimes et des élevages marins.