Le contrat de maîtrise d'œuvre prévoit également un engagement du maître d'œuvre à respecter le coût des travaux, assorti d'un nouveau seuil de tolérance, qui résulte des contrats de travaux passés par le maître d'ouvrage. Le respect de cet engagement est contrôlé après exécution complète des travaux nécessaires à la réalisation de l'ouvrage en tenant compte du coût total définitif des travaux résultant des décomptes finaux et factures des entreprises.
Pour contrôler le respect de l'engagement, le contrat de maîtrise d'œuvre prévoit les modalités de prise en compte des variations des conditions économiques.
En cas de dépassement excédant le seuil de tolérance fixé par le contrat de maîtrise d'œuvre, la rémunération de la maîtrise d'œuvre est réduite. Le contrat de maîtrise d'œuvre détermine les modalités de calcul de cette réduction, qui ne peut excéder 15 % de la rémunération du maître d'œuvre correspondant aux éléments de missions postérieurs à l'attribution des contrats de travaux.