La réunion des chefs des grands départements mentionnés à l'article D. 422-2 forme la Commission scientifique des musées nationaux. Elle conseille le ministre chargé de la culture sur toute question relative à la politique des musées.
La Commission scientifique des musées nationaux est consultée, en tant que de besoin, par le directeur général des patrimoines ou le responsable du service des musées de France, à la demande du président du Conseil artistique des musées nationaux dans les conditions fixées par l'article R. 422-5, ou de la majorité des membres de ce conseil, sur les projets d'acquisition à titre onéreux ou gratuit des musées nationaux.
Dans le cadre de sa mission consultative en matière de prêts et dépôts des biens faisant partie des collections des musées nationaux énumérés à l'article D. 421-2, la commission vérifie notamment l'état de conservation des biens ainsi que les garanties de sécurité prévues pour le transport et le lieu d'exposition dans les conditions prévues par les articles R. 423-7 et D. 423-13.