L'agrément peut être refusé par arrêté motivé du ministre chargé de l'environnement notamment si l'organisme demandeur ne dispose pas des compétences nécessaires dans le domaine des solvants et si les moyens que l'organisme propose de mettre en œuvre pour remplir ses missions et pour répondre aux obligations mentionnées aux articles 4 et 5 du règlement (CE) n° 306/2008 susvisé sont jugés insuffisants.
L'agrément peut aussi être refusé si les mesures devant assurer la séparation de sa mission de délivrance des certificats avec d'autres activités exercées dans le domaine des solvants sont insuffisantes.
La proposition de refus d'agrément est portée à la connaissance de l'organisme demandeur qui dispose d'un délai de quinze jours à compter de sa réception pour présenter ses observations.