Chaque commission administrative paritaire nationale établit son règlement intérieur.
Le secrétariat des commissions administratives paritaires nationales est assuré par le centre national de gestion. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein, lors de chaque séance, pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, le secrétaire et le secrétaire adjoint. Il est soumis à l'approbation de la commission administrative paritaire nationale lors d'une réunion suivante.