Le contrôle en cours de formation de l'enseignement d'éducation physique et sportive de complément comporte deux épreuves qui permettent d'évaluer les compétences fixées par le programme.
La première épreuve porte sur l'une des activités physiques, sportives et artistiques de l'enseignement de « diversification et approfondissement », différente de celles choisies pour l'évaluation de l'enseignement commun. Toutefois, si l'organisation de l'établissement ne permet pas une diversification suffisante de l'offre d'activités, l'épreuve pourra porter sur l'une des activités relevant de l'enseignement commun et faisant l'objet d'un approfondissement. L'évaluation et la notation s'effectuent selon les exigences du référentiel national des épreuves de l'enseignement obligatoire.
La deuxième épreuve porte sur l'activité physique, sportive et artistique de l'enseignement de « spécialisation » et pour laquelle seule la performance est prise en compte pour 70 % de la note. Le niveau d'exigence correspond à ce qu'il est possible d'attendre à l'issue d'un enseignement d'au moins soixante heures. Cette note est complétée par un entretien à partir d'un dossier sur un sujet choisi par le candidat dans lequel il fait état de ses capacités à réfléchir sur sa pratique et à l'éclairer par des connaissances.
Les épreuves sont notées par deux examinateurs dont l'un est nécessairement l'enseignant du groupe classe. A l'issue des deux épreuves, une note sur 20 est proposée au jury du baccalauréat, affectée du coefficient 2.
Les élèves empêchés de passer les épreuves pour raisons médicales, attestées par l'autorité médicale scolaire, bénéficient d'une épreuve de rattrapage organisée par l'établissement.
Les modalités d'évaluation propres à l'enseignement de complément constituent un volet du protocole d'évaluation de l'EPS adressé par l'établissement à la commission académique d'harmonisation et de proposition de notes.