L'école est dirigée par un directeur assisté de deux directeurs d'établissement, le directeur de l'établissement d'Aix-en-Provence et le directeur de l'établissement de Valenciennes.
Une équipe de direction assiste chaque directeur d'établissement.
Le directeur propose après avis du comité technique spécial de l'école l'organisation de son école qui fait l'objet d'une décision du directeur du personnel et des services.