Les établissements sont administrés par un conseil d'administration. Ils comportent un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante qui exercent des attributions consultatives.
Les établissements sont dirigés par un directeur assisté par un secrétaire général et, le cas échéant, par un directeur adjoint.
Ils sont organisés en départements, unités de recherche et services.
Un comité technique central et un comité d'hygiène et de sécurité sont institués dans chaque établissement.