Le contrôleur contribue, notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'institution est susceptible d'être confrontée. A cette fin, il s'appuie sur une analyse des facteurs explicatifs de la dépense et du coût des politiques publiques.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'institution, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle du comptable de l'institution.