La comptabilité est organisée conformément au décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.
Conformément aux dispositions de l'article 2 du même décret, sont applicables à l'établissement public d'incendie et de secours de la Nouvelle-Calédonie les principes fondamentaux contenus dans la première partie dudit décret.
Le comptable de l'établissement est un comptable direct du Trésor.
Le conseil d'administration peut créer, au sein de l'établissement public d'incendie et de secours de la Nouvelle-Calédonie, des régies d'avances et de recettes.