Les charges de personnel sanitaire, les charges médicales, pharmaceutiques et charges hôtelières et générales des unités hospitalières spécialement aménagées sont financées par des aides en fonctionnement en crédits de « Dotation annuelle de financement ». Les charges de personnel pénitentiaire des unités hospitalières spécialement aménagées sont financées par le ministère de la justice et des libertés sur le programme n° 107.
Les règles de répartition des charges relatives aux locaux et biens de la partie pénitentiaire de l'UHSA (hors charges de personnel) sont précisées dans un tableau annexé au présent arrêté.