En application du décret du 18 novembre 2005 susvisé, le contrôleur budgétaire et comptable ministériel placé auprès du ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire est comptable assignataire des ordres de dépenses émis par l'ordonnateur principal du ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire, à l'exception :
― des ordres de dépenses émis sur le programme « impulsion et coordination de la politique de l'aménagement du territoire » ;
― des traitements, salaires et leurs accessoires payés dans le cadre de la procédure de paiement sans ordonnancement préalable ;
― des pensions du code des pensions civiles et militaires de retraite ;
― des allocations temporaires d'invalidité.
Le ministre chargé du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat fixe l'assignation des ordres de dépenses émis en application d'une convention de délégation de gestion à laquelle est partie le ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire.