Le comité pédagogique du centre de formation de la défense est présidé par un représentant de la direction des ressources humaines du ministère de la défense ou une personnalité extérieure, désignée par le directeur des ressources humaines du ministère de la défense, en fonction des types de formation concernés.
Outre son président, le comité pédagogique est composé du chef d'état-major des armées et de deux membres, désignés par le comité directeur en son sein.
Chaque membre peut se faire remplacer par un représentant en cas d'absence ou d'empêchement.
Le président et les membres du comité pédagogique sont nommés pour une durée de trois ans renouvelables.
Le président peut inviter à participer au comité tout expert reconnu pour sa compétence dans l'un des domaines d'activité du centre.