La sous-direction transports et audiovisuel exerce la mission de l'Etat actionnaire dans les entreprises et organismes du secteur des transports et de l'audiovisuel qui rentrent dans le champ de compétence de l'agence ainsi que l'expertise en matière comptable couvrant l'ensemble de ce champ. Elle comprend un bureau chargé des infrastructures de transport et du secteur de l'audiovisuel, un bureau chargé des opérateurs de transport et du secteur ferroviaire et un pôle d'expertise en matière d'audit et de comptabilité.