Le contrôle des comptes individuels et consolidés de l'établissement public OSEO est assuré par deux commissaires aux comptes et deux commissaires aux comptes suppléants, désignés par arrêté du ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil d'administration, et après avis de l'Autorité de contrôle prudentiel et de l'Autorité des marchés financiers. Ils exercent leurs fonctions conformément à la législation en vigueur pour les sociétés anonymes.